درود.
طبق استانداردهای جدید وردپرس که به طراحان قالب مخزنش گفته، فایل های JS و CSS قالب رو باید حتما Enqueue کنند. این کار باعث میشه فایل ها از فیلترهای امنیتی و بهینه سازی هسته وردپرس رد بشن. همچنین اگر افزونه هایی نصب کنید که قراره روی این فایل ها عملیاتی انجام بدن، دسترسی و عملکرد بهتری خواهند داشت تا زمانی که بخواهید بطور مستقیم خودتون در فایل header قالب فایل رو معرفی کنید.
بهتره تمامی فایل هایی CSS و JS رو به این ترتیب به قالب اضافه کنید :
در لینک زیر اطلاعات بیشتری گفته شده درباره مزایای این روش فراخوانی استایل و جاوا اسکریپت :
https://developer.wordpress.org/themes/basics/including-css-javascript
در بخش ابتدایی به صورت خلاصه به یکی از مزایاش اشاره کرده (جلوگیری از تداخل و ناسازگاری های احتمالی. و البته این روش رو یک روش استاندارد وردپرس نامیده)